Un microscopio simple, conocido comunmente como lupa, utiliza una sola lente para ampliar. Un microscopio compuesto utiliza dos o más lentes para ampliar la muestra.
Un microscopio monocular es aquel que solo tiene un ocular y por lo tanto permite observar la muestra con un solo ojo. Un microscopio binocular incluye dos oculares de modo que es posible utilizar los dos ojos para visualizar la muestra. Un microscopio trinocular además de los dos oculares para los ojos, tiene un tercer ocular para conectar una cámara y capturar las imágenes de las observaciones.
Hay diferentes tipos de microscopios según la transmisión de luz o la configuración de los elementos: